Pada zaman Hindia Belanda, nama awal Persija adalah VIJ (Voetbalbond Indonesische Jacatra). Pasca-Republik Indonesia kembali ke bentuk negara kesatuan, VIJ berganti nama menjadi Persija (Persatuan sepak bola Indonesia Jakarta). Pada saat itu, NIVU (Nederlandsch Indisch Voetbal Unie) sebagai organisasi tandingan PSSI masih ada. Di sisi lain, VBO (Voetbalbond Batavia en Omstreken) sebagai bond (perserikatan) tandingan Persija juga masih ada.
Terlepas dari takdir atau bukan, seiring dengan berdaulatnya negara Indonesia, NIVU mau tidak mau harus bubar. Mungkin juga karena secara sosial politik sudah tidak kondusif (mendukung). Suasana tersebut akhirnya merembet ke anggotanya, antara lain VBO. Pada pertengahan tahun 1951, VBO mengadakan pertemuan untuk membubarkan diri (likuidasi) dan menganjurkan dirinya untuk bergabung dengan Persija.
Dalam perkembangannya, VBO bergabung ke Persija. Dalam turnamen segitiga persahabatan, gabungan pemain bangsa Indonesia yang tergabung dalam Persija "baru" itu berhadapan dengan Belanda dan Tionghoa. Inilah hasilnya: Persija (Indonesia) vs Belanda 3-3 (29 Juni 1951), Belanda vs Tionghoa 4-3 (30 Juni 1951), dan Persija (Indonesia) vs Tionghoa 3-2 (1 Juli 1951). Semua pertandingan berlangsung di lapangan BVC Merdeka Selatan, Jakarta.
Prestasi
Nasional
Perserikatan
- Tahun 1931, Juara Perserikatan, sebagai VIJ Jakarta (1)
- Tahun 1933, Juara Perserikatan, sebagai VIJ Jakarta (2)
- Tahun 1934, Juara Perserikatan, sebagai VIJ Jakarta (3)
- Tahun 1938, Juara Perserikatan, sebagai VIJ Jakarta (4)
- Tahun 1964, Juara Perserikatan (5)
- Tahun 1973, Juara Perserikatan (6)
- Tahun 1975, Juara Perserikatan, bersama dengan PSMS Medan (7)
- Tahun 1977, Juara Perserikatan (8)
- Tahun 1979, Juara Perserikatan (9)
- Tahun 1990, Peringkat Ke-10 Perserikatan
Liga Indonesia
- Tahun 1994, Peringkat Ke-18 Divisi Utama Wilayah Barat
- Tahun 1995, Peringkat Ke-13 Divisi Utama Wilayah Barat
- Tahun 1996, Peringkat 11 Wilayah Barat
- Tahun 1998, Semifinalis
- Tahun 1999, Semifinalis
- Tahun 2001, Juara Liga Indonesia
- Tahun 2002, 8 Besar Liga Bank Mandiri
- Tahun 2003, Peringkat 8 Liga Bank Mandiri
- Tahun 2004, Peringkat 3 Liga Bank Mandiri
- Tahun 2005, Runner-Up Liga Indonesia
- Tahun 2006, Liga Indonesia 8 Besar
Liga Super Indonesia
- Tahun 2010, Peringkat 5 Liga Super Indonesia
- Tahun 2010, Klasemen Sementara (tanggal 22 Oktober 2010) ke 2
Piala Indonesia
- Tahun 2005, Runner-Up Copa Indonesia
- Tahun 2006, Copa Indonesia Juara 3
- Tahun 2007, Copa Indonesia Juara 3
Internasional
- Tahun 2000, Juara Piala Sultan Brunei Darussalam
